Tıp sektöründeki termal etiket yazıcılarının, daha yüksek başlangıç maliyeti, sınırlı renk seçenekleri, etiket üretiminden kaynaklanan potansiyel çevresel etki ve bunları çalıştırmak için özel bilgi ihtiyacı gibi dezavantajları vardır. Termal etiketlerin kalitesi, bilgilerin zamanla kaybolma eğiliminde olması nedeniyle baskı kalitesini ve ömrünü de etkileyebilir.