Máy in nhãn nhiệt trong ngành y tế có những nhược điểm, bao gồm chi phí ban đầu cao hơn, tùy chọn màu hạn chế, tác động tiềm ẩn đến môi trường từ việc sản xuất nhãn và cần có kiến thức chuyên môn để vận hành chúng. Chất lượng của nhãn nhiệt cũng có thể ảnh hưởng đến chất lượng in và tuổi thọ, thông tin dễ bị mờ theo thời gian.